Il film ha tre edizioni:

Una della durata di 123 minuti (internazionale)

Una della durata di 155 minuti (seconda versione)

Una della durata di 173 minuti (Director's cut)

La versione originale del lungometraggio, realizzata nel settembre 1988, durava 173 minuti; sebbene ritenuta ancora acerba dallo stesso regista, venne proiettata al festival EuropaCinema di Bari in anteprima, ottenendo un tiepido riscontro.

Per l'uscita cinematografica del novembre 1988 vennero effettuati tagli per un totale di circa un quarto d'ora, portando la durata del film a 155 minuti.

Dopo l'insuccesso commerciale, il regista, d'accordo con la produzione, tagliò ulteriori sequenze per una durata di circa 25 minuti, riducendo la durata a 123 minuti: venne eliminato l'intero segmento con Salvatore ed Elena adulti - comprensivo di tutte le scene interpretate da Brigitte Fossey - oltre ad alcune sequenze della prima parte della pellicola. Questa fu la versione di Nuovo Cinema Paradiso distribuita in Italia e nel resto del mondo a partire dal 1989 ed insignita di numerosi premi internazionali.

La versione completa di 173 minuti è stata successivamente distribuita in sala e nel circuito home video come director's cut nel 2002.

Il montaggio del film comprende anche alcuni brevi estratti dalle pellicole proiettate nel Cinema Paradiso: si tratta di alcuni noti film realmente usciti tra gli anni '30 e gli anni '50, come Riso amaro, Senso, Ombre rosse, La terra trema, I pompieri di Viggiù, Anna, I vitelloni, In nome della legge, Catene (che viene anche citato per nome dal personaggio di Spaccafico), Bellissima, Umberto D. e Il grido.